Команда была основана в 1923 году, а затем возрождена в 1997-м из юных игроков футбольной школы Таллина и клуба газеты Noorte Hääl.
До 2006-го «Нымме Калью» выступал в низших дивизионах чемпионата Эстонии. Через два года после выхода в элиту команда заняла 4-е место в Мейстрилиге и из-за расформирования бронзового медалиста клуба ТФМК сыграла в Лиге Европы-2009/10. В 2009-м «Нымме Калью» впервые вышел в финал Кубка страны, а в 2011-м попал на пьедестал, завоевав серебро.
Домашние матчи клуб проводит на стадионе «Хийу», вмещающем 500 зрителей. Официальные цвета — белый и черный.